درباره نسب شریف این امامزاده بزرگوار، بین مورّخان و علمای انساب اختلاف است. برخی او را از سادات حسینی و عدهای دیگر او را از سادات موسوی قلمداد نمودهاند.
مرحوم فیض(ره) پس از ردّ گفتار مؤلفان کتاب انوار المشعشین و تاریخ قم تألیف ناصر الشریعه مینویسد: به استناد کتیبه کاشی کاری شده، وی از سادات موسوی است که به دست مخالفان به شهادت رسیده است، همچنین اضافه میکند؛ سیّد جلیل شاه جعفر موسوی که از نقباء و شرفاء علویان در اواخر قرن ششم و اوائل قرن هفتم بوده، شجرهنامهاش در دسترس نمیباشد.
وی در یورش سپاه مغول به قم در سال 617 هـ . ق در حادثه قتل عام مردم قم به شهادت رسیده است که پنجاه سال پس از وقوع حادثه قتل وی در سال 667 هـ . ق بقعهای مجلل بر مزار وی بنا نهادهاند.
بنابراین طبق تاریخ شهادت او، میبایست نسب شریف او حداقل با دوازده واسطه به امام هفتم منتهی شود. این در حالی است که مرحوم ناصرالشریعه نسب وی را جعفر الدقاق بن محمّد بن احمد بن هارون بن امام موسی کاظم(ع) ذکر نموده که طبق سلسله نسب او، وی در قرن چهارم وفات یافته و اصولاً آرامگاه او نیز در گورستان بقیع، نزدیک به مسجد مقدس جمکران است که به شاه جعفر غریب معروف است. احتمالی در نسب شریف این سیّد بزرگوار در کتاب مزارات قم داده شده که با برخی از شواهد میتوان به واقعیت نزدیک باشد.
به هر حال، بقعه امامزاده جعفر موسوی شهید که کمی بالاتر از بقعه امامزاده ابراهیم(ع) است، از دیرباز مورد توجه اهالی متدّین قم بوده و کراماتی نیز به او منسوب است.